В XVII в. монастырь был отстроен заново, а затем неоднократно реконструировался. Церковь св. Степаноса в 1655 г. приобрела трёхапсидную купольную композицию с двухъярусными приделами по углам.
В интерьере храма сохранились фрагменты настенной росписи, а его наружное убранство выделяется богатством высокохудожественных рельефных изображений, представляющих целый христологический цикл, дополненный сценой избиения св. Стефана Первомученика. Эти рельефы благодаря своей самобытности и художественным достоинствам причислены к шедеврам армянского средневекового искусства.