После принятия христианства выражение «священный Арарат» для армянского народа обрело новый оттенок: населяющие его демонические языческие духи уступили место Ангелам, охраняющим святой ковчег. Армянский царь Трдат выстроил часовню св. Рипсимэ из камней, принесённых со склонов «святого Масиса». По преданию, св. Иаков Низибийский, желая найти Ноев ковчег и принести его частицу, предпринял попытку восхождения на Арарат, но, не достигнув вершины, чудесным образом получил крестообразный осколок ковчега, силою которого впоследствии совершал великие чудеса.

Во времена раннего средневековья на юго-восточном склоне Арарата был возведён монастырь св. Иакова, который в 1840 году, вместе с расположенным неподалёку селом Акор, разрушило землетрясение.